주휴무 먼저사용후 퇴사시 급여는 어떻게 될까요?

대구에서 음식점 운영중인데 직원들이 주5일 입니다.

한 직원이 9월28일(월), 9월29일(화) 휴무를 먼저사용하고 10월3일(토) 오전만 출근하고 오전까지만 근무한다고 퇴사의사를 밝혔습니다.

그런데 궁금한게 있는데 9월에서 10월로 넘어가는

주인데 일요일까지 개근하지 않아 주휴가 발생하지 않는데 9월 28일,29일에 사용한 휴무에 대해

9월급여에서 빼고 지급하는게 맞을까요?

아님 포함해서 지급해야하는걸까요??